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Text File  |  1995-03-04  |  1.8 KB  |  42 lines
  1. *********************************
  2. * Polygalacturonase active site *
  3. *********************************
  4.  
  5. Polygalacturonase (EC 3.2.1.15)  (PG)  (pectinase) [1,2] catalyzes  the random
  6. hydrolysis  of 1,4-alpha-D-galactosiduronic  linkages  in  pectate  and  other
  7. galacturonans. In fruit,  polygalacturonase  plays  an  important role in cell
  8. wall metabolism during ripening. In plant bacterial pathogens  such as Erwinia
  9. carotovora or   Pseudomonas   solanacearum   and   fungal  pathogens  such  as
  10. Aspergillus niger, polygalacturonase  is  involved  in  maceration  and  soft-
  11. rotting of plant tissue.
  12.  
  13. Exo-poly-alpha-D-galacturonosidase (EC 3.2.1.82) (exoPG) [3] hydrolyzes peptic
  14. acid from the non-reducing end, releasing digalacturonate.
  15.  
  16. Prokaryotic, eukaryotic   PG  and  exoPG  share  a  few  regions  of  sequence
  17. similarity. We selected the best conserved of these regions, which is centered
  18. on a  conserved  histidine  most  probably involved in the catalytic mechanism
  19. [4].
  20.  
  21. -Consensus pattern: [GSDNKRH]-x(2)-[MFC]-x(2)-G-H-G-[LIVMAG]-x(1,2)-[LIVM]-G-S
  22.                     [H is the putative active site residue]
  23. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  24. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  25.  
  26. -Note: these proteins belong to family 28  in  the  classification of glycosyl
  27.  hydrolases [5].
  28.  
  29. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  30.  
  31. [ 1] Ruttowski E., Labitzke R., Khanh N.Q., Loeffler F., Gottschalk M.,
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  34. [ 2] Huang J., Schell M.A.
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  42.